Die Ur- und Frühgeschichte besitzt eine größere Sammlung an Bodenfunden des Landes. Die Geschichte dieser Sammlung ist unmittelbar mit der Herausbildung der Ur- und Frühgeschichte als Fach an der Greifswalder Universität geknüpft. Zum Bestand der Sammlung gehören Bodenfunde aus allen Abschnitten der Ur- und Frühgeschichte Vorpommern. Sie reichen von den Hinterlassenschaften spätzeitlicher Jäger über wichtige Grabfunde aus der Eisenzeit bis zu den vielgestaltigen Zeugnissen des mittelalterlichen Stadtlebens in Greifswald. Diese Bodenfunde werden seit 1823 systematisch erfasst und in einer Sammlung zusammengetragen. Das wachsende Nationalbewusstsein beförderte das Interesse an den Bodenfunden und unter der Betreuung des Professors für pommersche Geschichte Theodor Pyl erfuhr die Sammlung im 19. Jahrhundert eine sorgsame Erweiterung. Aufbauend auf der Sammlung wurde dann in den 1920er Jahren ein Seminar für Vor- und Frühgeschichte eingerichtet und bis in die 1940er Jahre entwickelte sich eine rege Forschungstätigkeit. So gelangten zahlreiche Funde von prominenten Denkmälern wie der Megalithanlage Herzogsgrab auf Mönchgut im Südosten der Insel Rügen oder von der berühmten slawischen Tempelburg Arkona nach Greifswald. Zahlreiche Urnenbestattungen der letzten Jahrhunderte vor Christus (Eisenzeit), darunter auch solche von dem eindrucksvollen Steinkreis im Ziesebruch bei Netzeband östlich von Greifswald, gehören ebenfalls zu den wertvollen Sammlungsbeständen.
Auch wenn der Bestand am Ende des zweiten Weltkrieges schmerzliche Verluste erlitten hat, so bietet Dank des Engagements der jeweiligen Kustoden die Sammlung Vorgeschichtlicher Altertümer heute einen hervorragenden Querschnitt der Vor- und Frühgeschichte Vorpommerns. Ein ca. 13 800 Jahre altes bearbeitetes Riesenhirschgeweih, das älteste Zeugnis der Besiedlung Mecklenburg-Vorpommerns, gehört ebenso zur Sammlung wie die sogenannte Trichterbecher-Keramik der frühen Bauern Norddeutschlands vor 5500 Jahren. Bronzeschwerter und eiserne Gürtelhaken sind geeignet, Einblicke in Bewaffnung und Elitekultur der beiden letzten Jahrtausende vor Christus zu geben. Aber auch die Alltagskultur der Slawenzeit und der mittelalterlichen Bewohner Greifswalds können die Fundbestände anschaulich verdeutlichen. Die Sammlung wird durch aktuelle Grabungen stetig erweitert.
Heute wird die Sammlung nicht nur für die Lehre, sondern auch für die interdisziplinäre Forschung genutzt. So erlauben zum Beispiel Metallanalysen die Herkunft von 4000 Jahre alten Bronzegeräten aus Südosteuropa zu rekonstruieren oder Genetiker der Universität Mainz entschlüsseln die Populationsgeschichte der steinzeitlichen Skelettreste aus dem Rügener Großsteingrab.
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