Die Sammlungen des Institutes für Geographie und Geologie setzen sich aus mehr als 20 weltweit zum Teil einzigartigen Sammlungen aus den Bereichen der Paläontologie, Geologie und Mineralogie zusammen. Insgesamt beherbergt das Geologische Institut über zwei Millionen Sammlungs-Objekte, vor allem der Paläontologie. Von überragender Bedeutung ist die sog. Typensammlung, die allein über 1000 Holotypen, Referenzen für die Beschreibung von Arten, enthält. Der bekannteste Holotyp der Greifswalder Sammlung ist der Dinosaurier Emausaurus ernsti von Grimmen, benannt nach der Universität. Die Sammlungen gliedern sich zudem in Mikrofossilien, Wirbeltiere, Wirbellose oder fossile Pflanzen sowie größere Spezialsammlungen wie die Fossilien der Rügener Kreide, die Zarnglaff-Sammlung aus dem Malm von Hinterpommern (heute in Polen) oder das Deutsche Archiv für Geschiebeforschung.
Weitere umfangreiche Sammlungen beinhalten die Allgemeine- und Regionale Geologie, die Petrographie, die Mineralogie und die Tonmineralogie. Hierzu gehört auch eine bedeutende Meteoriten-Sammlung aus dem 19. Jahrhundert, welche Proben von etwa 400 Meteoritenfällen weltweit enthält.
Die Anfänge der Sammlungen gehen zurück auf das 1777 erstmals erwähne Mineralien-Cabinett der Universität Greifswald. Den Grundstock verdankt sie vor allem der intensiven Sammeltätigkeit am Ende des 19. und am Anfang des 20. Jahrhunderts, eng verknüpft mit den Namen Prof. Dr. EMIL COHEN, Prof. Dr. WILHELM DEEKE und Prof. Dr. OTTO JAEKEL.
Mit der von JAEKEL 1908 eröffneten Pommerschen Geologischen Landessammlung wurde für das allgemeine Publikum eine dauerhafte Ausstellung geschaffen. Die Landessammlung gibt einen umfangreichen Einblick in die regionalen geologischen Probleme, enthält wertvolle paläontologische Objekte mit dem Schwerpunkten Jura, Kreide und Quartär sowie reiche Geschiebesammlungen. Im Rahmen der Hochschulreform in der DDR wurden 1968 von der Universität Rostock Teile der von Prof. Dr. EUGEN GEINITZ 1889 gegründeten Geologischen Landessammlung Mecklenburgs sowie Teile des Bohrarchivs übernommen.
Nach umfangreicher Neugestaltung wurde die Landessammlung in Greifswald 1975 neu eröffnet und wird heute als Geologische Landessammlung Mecklenburg-Vorpommerns bezeichnet. Sie enthält aktuell etwa 150.000 Sammlungsobjekte, die zum Teil in Vitrinen präsentiert werden. Für Studenten, Schulklassen und Interessierte sind nach Absprache Besichtigungen möglich.
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